艾窝窝历史悠久，明万历年间内监刘若愚的《酌中志》中说：“以糯米夹芝麻为凉糕，丸而馅之为窝窝，即古之‘不落夹’是也。”由此可分析这种食品应当是用糯米洗净浸泡，尔后入笼屉蒸熟，晾凉后揉匀，揪成小剂，摁成圆皮，包上桃仁、芝麻仁、瓜子仁、青梅、金糕、白糖，拌和成馅，就成了明万历年间称之为窝窝的食品。此小吃在明代已流入民间，明代《金瓶梅》中记录当时流行的美味中就有艾窝窝。

      但为什么后来又叫做艾窝窝呢？在清人李光庭的《乡谚解頤》一书中是这样解释的。因为有一位皇帝爱吃这种窝窝，想吃或要吃时，就吩咐说：“御爱窝窝。”后来这种食品传入民间，一般百姓就不能也不敢说“御”字，所以省却了“御”字而称“爱窝窝”，后来演变为“艾窝窝”。制作艾窝窝外皮用的糯米是已经蒸熟的，馅也用桃仁、瓜仁、芝麻仁和白糖事先炒好，所以做得之后就能直接食用。故《燕都小食品杂咏》中说：“白粉江米入蒸锅，什锦馅儿粉面挫。浑似汤圆不待煮，清真唤作爱窝窝。”还注说：“爱窝窝，回人所售食品之一，以蒸透极烂之江米，待冷裹以各式之馅，用面粉团成圆形，大小不一，视价而异，可以冷食。”

说艾窝窝的来历与今天的故宫（即“紫禁城”，俗称“皇宫”）内的“储秀宫”还有着密切的联系。据老北京人传说，有一位在“皇宫”紫禁城里当过太监的人说，明时皇宫里的 “储秀宫”居住着的皇后和妃子，她们天天吃山珍海味，感到有些腻了。有一天，在“储秀宫”做饭的一个回族厨师，从家里带了些经常食用的清真食品“艾窝窝”，正在厨房里吃的时候，被一位宫女看见了。她一尝很好吃，就给皇后带了点，皇后一尝，亦感到非常好吃，就当即让这位回族厨师为居住在“储秀宫”的皇后和妃子们做“艾窝窝”吃。特别是皇后很喜欢吃艾窝窝，不仅在日常生活中经常食用，而且还格外大加赞赏，说厨师做的“艾窝窝”不仅“色雪白”好看，而且吃起来，其“味香甜”。

      在民间还有传说是清乾隆平息了大、小和桌木叛乱之后，把新疆的一个维吾尔族首领的妻子抢到宫中作他的妃子，也就是香妃。香妃被抢到北京后，日夜茶饭不思，急坏了乾隆，于是传旨给御膳房，有谁能做出香妃爱吃的东西，不但升官，还赏银千两。这一来御厨们大显身手，使出了看家本领，山珍海味，风味名吃，做了数千样，让宫女们用盘托着，排着队从香妃面前走过，但香妃连看也不看。乾隆只好下旨叫白帽营的人给香妃做家乡吃食送进宫。话分两头说，香妃的丈夫自香妃被抢进宫后，也跋山涉水从新疆来到北京，藏身在白帽营里，想方设法打听香妃的下落。当他听说皇帝下旨让白帽营的人做一样最好吃的东西送进宫去给香妃吃，觉得这是个联系的好机会。于是就做了一盘江米团子。这江米团子是他家祖传的自制点心，香妃见到这江米团子，就会知道她丈夫来了。江米团子送到宫中，太监问他这东西叫什么名字，他想自己姓艾买提，就叫艾窝窝吧。宫女把艾窝窝端到香妃面前，香妃一见，睛睛一亮，知道丈夫来了，便强打精神，用两个手指夹起一个，轻轻咬了一口。乾隆听说香妃吃东西了，高兴得什么似的。下旨让白帽宫的艾买提天天做艾窝窝送进宫来。从此，艾买提就天天做艾窝窝送进宫来，艾窝窝也就出了名。后来又流传到了民间成为了百姓餐桌上的美食。